De doelstelling van de evaluatie luidt als volgt:
Het vaststellen of de hoofddoelstelling van de innovatievouchers - het bevorderen van het gebruik van voorhanden kennis bij kennisinstellingen ten behoeve van innovatie door het MKB - gerealiseerd wordt.
De bovenstaande doelstelling laat zich vertalen in verschillende onderzoeksvragen. Vooraf wordt gesteld dat deze vragen voor kleine en grote vouchers worden beantwoord. Voorts richten de vragen zich hoofdzakelijk op de vouchers die in 2006 zijn verstrekt, maar bij een aantal vragen, bijvoorbeeld effectvragen, is het noodzakelijk om ook de vouchers uit 2005 te betrekken. De vier hoofdvragen van de evaluatie luiden als volgt (zie Bijlage 1 voor een volledig overzicht van onderzoeksvragen):

1. In hoeverre hebben de vouchers geleid tot het verstrekken van opdrachten aan kennisinstellingen die anders niet (of later) verstrekt zouden zijn?
2. Wat is de opbrengst voor de ondernemer van de opdracht aan de kennisinstelling geweest? Met andere woorden: met wat voor soort opdrachten gaat de MKB’er naar de kennisinstelling en wat levert dit de MKB’er op?
3. In hoeverre heeft de samenwerking als gevolg van de voucher geleid tot meer permanente contacten tussen bedrijf en kennisinstellingen?
4. Hoe vervolgt de ondernemer zijn innovatietraject na de vouchers?

De hoofdconclusie is dat de innovatievoucher een nuttig en vooral uniek instrument is in zijn soort. Er is naast de WBSO een nieuw instapinstrument gecreëerd. De kracht van het instrument is gelegen in de laagdrempeligheid, het grote bereik, het uitlokken van opdrachten voor kennisinstellingen die anders niet zouden zijn uitgezet, het feit dat het instrument ook diensteninnovatie stimuleert, de vraaggerichtheid en het feit dat de kloof tussen het MKB en kennisinstellingen kleiner wordt.

Daar staat echter tegenover dat de effectiviteit van het instrument in de volgende rondes verder geoptimaliseerd zou kunnen worden. Ten eerste zou de voucherpopulatie verbreed kunnen worden, bijvoorbeeld door de werving van nieuwe en andersoortige gebruikers. Bij dat laatste bedoelen we bijvoorbeeld een groter aandeel van bedrijven die gemiddeld genomen minder innovatief zijn of minder contacten met kennisinstellingen hebben. Ten tweede is er meer aandacht nodig voor de groeiende groep voucherbezitters die hun voucher niet verzilvert. Het lijkt erop alsof deze groep meer begeleiding nodig heeft. Ten vierde verdient wisselwerking in de breedte meer aandacht. Momenteel wordt vooral gekeken naar het effect van de voucher op opdrachtverstrekking. Dit is slechts één vorm van wisselwerking. Het is goed denkbaar dat de voucher op meer vormen van wisselwerking invloed heeft en dat zou ook inzichtelijk kunnen worden gemaakt. Dan zou ook kunnen blijken dat de persistentie van de opgebouwde contacten tussen kennisinstellingen en het MKB groter is dan nu wordt geconstateerd.