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Dopo aver completato la sua tesi di dottorato presso la TU/e e aver ricoperto una posizione post-dottorato a tempo parziale presso l'Universiteit Utrecht, Matthijs Janssen attualmente è collegato ad Harvard. Durante l'anno accademico 2015-2016, ha ricoperto la posizione di Research Fellow presso il Growth Lab del Center for International Development (CID). Il CID fa parte della Harvard Kennedy School for Public Policy. A livello mondiale è nota, tra le altre cose, per l'Atlas of Economic Complexity, di cui ha pubblicato diverse edizioni negli ultimi anni (in collaborazione con il MIT). Questo atlante, consultabile online su atlas.cid.harvard.edu, mostra quali prodotti vengono prodotti in quale paese. Molta della ricerca condotta presso il Growth Lab riguarda la questione del perché alcuni paesi siano in grado di produrre più prodotti e più avanzati di altri.
Presso il CID, Matthijs si occupa della diversificazione industriale; il processo attraverso il quale una struttura economica si trasforma. Al centro della sua ricerca c'è la questione di come i settori intermedi (ad esempio i fornitori di servizi ad alta intensità di conoscenza) contribuiscano alla diffusione della conoscenza presente in un'economia, e come ciò influenzi lo sviluppo di nuove attività economiche. Durante il suo incarico ad Harvard, Matthijs rimarrà attivo in vari progetti Dialogic.