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Après avoir terminé son doctorat à la TU/e et une position de post-doctorant à temps partiel à l'Université d'Utrecht, Matthijs Janssen est actuellement affilié à Harvard. Pendant l'année universitaire 2015-2016, il y a été Research Fellow au Growth Lab du Center for International Development (CID). Le CID fait partie de la Harvard Kennedy School for Public Policy. Il est mondialement connu, entre autres, pour l'Atlas de la Complexité Économique, dont il a publié plusieurs éditions ces dernières années (en collaboration avec le MIT). Cet atlas, consultable en ligne sur atlas.cid.harvard.edu, montre quels produits sont fabriqués dans quel pays. Une grande partie des recherches menées au sein du Growth Lab concerne la raison pour laquelle certains pays parviennent à produire des produits plus nombreux et plus avancés que d'autres pays.
Chez CID, Matthijs se penche sur la diversification industrielle ; le processus par lequel une structure économique se transforme. Au cœur de ses recherches se trouve la question de savoir comment les secteurs intermédiaires (par exemple, les prestataires de services à forte valeur ajoutée) contribuent à la diffusion des connaissances présentes dans une économie, et comment cela influence le développement de nouvelles activités économiques. Pendant son affiliation à Harvard, Matthijs reste actif dans divers projets de Dialogic.