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Después de completar su tesis doctoral en la TU/e y una posición postdoctoral a tiempo parcial en la Universidad de Utrecht, Matthijs Janssen está actualmente asociado a Harvard. Durante el año académico 2015-2016, tuvo un cargo como Investigador en el Growth Lab del Centro para el Desarrollo Internacional (CID). El CID es parte de la Escuela Kennedy de Políticas Públicas de Harvard. A nivel mundial, es conocido principalmente por el Atlas de Complejidad Económica, del cual ha publicado diversas ediciones en colaboración con el MIT en los últimos años. Este atlas, disponible en línea en atlas.cid.harvard.edu, muestra qué productos son producidos en cada país. Gran parte de la investigación realizada en el Growth Lab se enfoca en cuestiones como por qué algunos países pueden producir productos más avanzados que otros.
En el CID, Matthijs se dedica a la diversificación industrial; el proceso mediante el cual la estructura económica de un país se transforma. Su investigación se centra en cómo los sectores intermedios (por ejemplo, los proveedores de servicios intensivos en conocimiento) contribuyen a difundir el conocimiento dentro de una economía, y cómo esto afecta el desarrollo de nuevas actividades económicas. Durante su tiempo en Harvard, Matthijs sigue participando en varios proyectos de Dialogic.