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Nach Abschluss seiner Promotion an der TU/e und einer Teilzeit-Postdoc-Position an der Universiteit Utrecht ist Matthijs Janssen derzeit an der Harvard University tätig. Im Studienjahr 2015-2016 war er dort als Research Fellow am Growth Lab des Center for International Development (CID) tätig. Das CID ist Teil der Harvard Kennedy School for Public Policy. Weltweit ist es unter anderem bekannt für den Atlas of Economic Complexity, den es in den letzten Jahren (in Zusammenarbeit mit dem MIT) in verschiedenen Ausgaben veröffentlicht hat. Dieser Atlas, der online unter atlas.cid.harvard.edu zu finden ist, zeigt, welche Produkte in welchem Land hergestellt werden. Ein Großteil der Forschung, die im Growth Lab stattfindet, befasst sich mit der Frage, warum einige Länder mehr und anspruchsvollere Produkte produzieren können als andere Länder.
Bei CID beschäftigt sich Matthijs mit der industriellen Diversifizierung; dem Prozess, mit dem sich eine Wirtschaftsstruktur transformiert. Im Zentrum seiner Forschung steht die Frage, wie intermediäre Sektoren (zum Beispiel wissensbasierte Dienstleister) zur Verbreitung des in einer Wirtschaft vorhandenen Wissens beitragen und wie sich dies auf die Entwicklung neuer wirtschaftlicher Aktivitäten auswirkt. Während seiner Tätigkeit an der Harvard University bleibt Matthijs weiterhin in verschiedenen Dialogic-Projekten aktiv.